박원순 서울시장 후보는 평택 미군 기지 이전 건설을 '전쟁침략 기지' 건설이라면서 반대한 사람인데, 제주해군기지 건설도 반대한다. 2011년 5월31일 좌파단체인 ‘생명평화결사제주순례단’ 주관 아래 열린 ‘강정마을의 오늘과 내일’ 대담에 참석, 제주해군기지 건설이 “불법임에 명백하다”고 주장했었다. 당시 박씨는 희망제작소 5주년을 기념, 지난 2월1일~6월3일 기간 동안 전국을 순회하며 전라·충청·경상·강원·제주 지역을 순회하며 강연을 가졌다. 박씨는 대안학교 학생들을 상대로 강연을 가졌다.
 
  당시 對談(대담)에는 박원순을 비롯, 배종렬 평화와 통일을 여는사람들 상임대표, 강동균 제주강정마을 회장, 조영배 제주대학교 교수, 송강호 (사)개척자들 대표간사, 전진택 (사)생명평화마을 사무처장 등 현재 제주해군기지 건설 반대 투쟁을 벌이고 있는 좌파인사들이 참석했다.
 
  박원순씨는, 조영배 교수가 “해군이 해군기지를 추진하면서 1500명 정도 되는 주민 중에서 80명을 모아 놓고 찬성안을 통과시킨 것을 두고 해군과 제주도가 마치 주민총회를 통해 결정한 것처럼 오도했다. 이는 ‘방법상의 불법’”이라고 주장한 데 대해 다음과 같이 답변했다.
 
  “1500명 중 80명만의 찬성으로, 그것도 충분한 토론을 통하지 않고 추진하였다면 불법임에 명백하다. (제주해군기지 건설은) 국민주권, 국민의 행복추구권, 適法(적법)절차의 원칙 세 가지 중 그 어느 것도 만족시키지 못한다.” (인터넷 매체 <제주의 소리> 2011년 6월1일 자 인용)
 
  박원순씨는, “찬성과 반대의 입장은 언제든지 바뀔 수 있는데, 해군기지를 짓지 말아야 할 수많은 이유에도 공사를 강행하는 것은 맞지 않다”, “강정마을 주민들이 일관되게 반대하면 해군기지는 되지 않을 것이다”, “정의롭고 당당한 요구는 세력을 얻게 되고 승리할 것이라는 데 의심의 여지가 없다”고 주장했다.
  그는 이어 “(제주해군기지 건설) 반대 투쟁과 더불어 UN평화대학이나 UN평화센터 등의 유치를 통해 한반도와 세계에서 평화에 기여하는 곳으로 (제주도가) 태어나길 바라고, 그런 걸 위해서라면 함께 할 각오가 되어 있다”고 밝혔다.
 
  그러면서 이와 함께 “우리는 엄중한 현실과 대면하는 위기상황에 있기 때문에 이를 외면하지 않을 것이며, 7월20일부터 백두대간을 걷기로 예정되어 있는데, 시간이 되면 일주일 정도를 강정에서 지낼 수도 있을 것”이라고 했다.
  박원순씨는, “트위터 상에서 내 팔로워가 7만3000명(9월16일 기준 10만400명) 정도 된다. 방금 전 강정마을 상황을 트위터에 올렸더니 벌써 반응이 오고 있다. 마을 회장님이 이외수씨 같은 분도 찾아가 간곡히 부탁하면 마을 문제에 관심을 가져줄 것”이라고 말했다.
 
  박씨는 당시 강연을 마친 후 열흘 뒤인 6월9일 참여연대, 한국진보연대, 민노총 등 111개 단체로 구성된 ‘제주해군기지건설 저지를 위한 전국대책회의’ 주도의 ‘제주해군기지 건설 중단을 촉구하는 各界(각계)인사 선언’에 박상증(아름다운재단 이사장), 정현백(참여연대 공동대표), 백낙청 6·15공동선언실천남측위원회 명예대표 등의 인사들과 함께 서명에 참여했다.