그는 정치 입문 후 잦은 종북(從北) 논란을 일으켰다.

2010년 8월 어느 라디오 방송에 출연한 그는 ‘6·25가 남침이냐, 북침이냐’는 질문에

 “역사적인 논쟁들이 있다. 그 문제는 좀 더 치밀하게 생각해 나중에 다시 답을 드리겠다”고 했다.

같은 해 북한이 ‘3대 세습’을 공식화했을 때도 그는 “정치권과 언론은 북의 지도자에 대해 언급하지 말아야 한다. (세습에 대해) 말하지 않는 것이 나와 민주노동당의 판단이며 선택”이라고 했다.

그는 ‘연평도 발언’으로도 많은 지적을 받았다. 당시 이 전 대표는 “연평도에서 군인이 사망하고 주민들이 불길 속에 두려움에 떨었다. 남북관계를 악화시킨 결과를 정부는 똑똑히 봐야 한다”고 우리 정부에 책임을 돌렸다.

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